是的，科目二考试补考要支付一定的费用。在考试未通过的情况下，该考生需要补考，同时需要缴纳科目考试及其他管理费用，才能参加科目二补考。拓展起来，科目二考试费也不一样，根据车辆准驾类别、考车类型、报名时长等不同，费用也有差别。