臭氧消毒器是一种强氧化剂，灭菌过程属生物化学氧化反应。它的消毒原理是：1、臭氧能氧化分解细菌内部葡萄糖所需的酶，使细菌灭活死亡。2、臭氧直接与细菌、病毒作用，破坏它们的细胞器和DNA、RNA，使细菌的新陈代谢受到破坏，导致细菌死亡。3、臭氧透度过细胞膜组织，侵入细胞内，作用于外膜的脂蛋白和内部的脂多糖，使细菌发生通透性畸变而溶解死亡。
但是需要时间进行缓释，否则会引起人头晕、头疼、胸闷等，对人体有损伤。会腐蚀金属以及橡胶等物品。
紫外线杀菌消毒是利用适当波长的紫外线能够破坏微生物机体细胞中的DNA(脱氧核糖核酸)或RNA(核糖核酸)的分子结构，造成生长性细胞死亡和(或)再生性细胞死亡，达到杀菌消毒的效果。
利用特殊设计的高效率、高强度和长寿命的UVC波段紫外光照射流水，将水中各种细菌、病毒、寄生虫、水藻以及其他病原体直接杀死。
各有利弊根据应用场景而做出选择。水处理上用的消毒器源头厂家