苏州大学的自主招生毕业文凭不完全一样，因为自主招生分为不同的专业和方向，每个专业和方向的课程设置和学分要求不同，因此毕业文凭的颁发也会有所不同。但是，毕业文凭的基本内容和格式都是按照学校的规定制定的，具有相同的认证和效力。