南京农业大学生态学研究生毕业后可以去农科院工作，但要看具体情况和招聘要求。农科院是国家级研究机构，拥有多个研究所和实验室，在农业科技领域有着重要的地位和影响力。如果想进入农科院工作，需要具备深厚的学术背景和研究能力，同时还需要关注招聘信息和岗位要求，积极参加招聘考试和面试。