如果别墅自建房的两个大门朝里开，鞋柜应该放在进门的右边。这是因为按照风水学的理论，进门的右边是贵人运的方位，放置鞋柜可以增加进门处的整体气场，有利于吸收好的能量，同时也容易让进门的人感到欢迎和舒适。而放在出门的右边则可能会造成能量流失，不利于家居的气场调整。