深圳新能源车牌指标有效期为5年，其中前4年由政府发放，每年发放20%的指标；第5年由当年市政府根据实际情况来决定是否发放指标，实行先申请先发放原则。指标到期时，应尽快办理备案并更换牌照，以防止交通安全等问题的出现。