本次剧情倒叙插叙都有，所以我是把剧情“从头到尾”捋的，不知道会不会说得很乱
首先导致“息”破开封印差点逃出结界的“罪魁祸首”就是红颜祸水的指挥官了
十几年前，碧蓝航线心智魔方研究院因为发现了指挥官这个适应性极高的人类而改建为特别军事学院，之后安排指挥官在内的一队代表团访问重樱。而此时华盛顿海军条约尚未签订，铁血重樱和撒丁也还没脱离碧蓝航线。与此同时大贤者来到重樱与长门武藏商议大（御）神木封印的事，但因为代表团的到访，作为重樱联合舰队旗舰兼重樱神子的长门无暇商议此事，暂时搁置，大贤者也暂留长门居所等待结果。
后面举行了欢迎代表团的宴会，但指挥官偷偷溜掉了，还“阴差阳错”地穿过了大贤者布置的结界进入了大贤者所在的庭院。虽然算不上第一个相见的人，但大贤者无疑是第一个与指挥官“深交”的重樱“人”，也在指挥官的心里留下了位置新泽西：“TMD，怎会如此”
之后就是代表团离开后，长门武藏进入结界协助大贤者加强封印，不过看结果反倒像帮倒忙——长门把逃离的机会给了武藏，自己被息吞噬，之后被大贤者救下送出了结界。而且这也透露出了一些情报，在“当时”，大贤者本体无法脱离结界，前来与长门商议、与指挥官相见的只是一个分身。

这段剧情通过让尾张做梦梦到的方式“告知”了我们。而且在那次战斗中长门也受了伤，但进入大神木获得了修复。进入大神木之前，她卸下了联合舰队总旗舰的职位，本应该让位给天城的，但因为华盛顿海军条约的签订加上天城受损而让位给了大和。

十几年后的“现在”，前沿活动《月夜未央》里，长门和武藏因为也因为做梦梦到了“大神木被破坏，封印的黑影席卷而出毁灭一切”而重新来到结界哨所商议如何封印黑影。同时外出的尾张似乎昏倒在某个地方，之后被四万十拎到了大神木附近。
不久后尾张醒来，同时武藏带着初月等人收集术式所需的材料的时候，结界已经油尽灯枯完全崩溃。黑影破开神木，将哨所在内的一定范围的区域全部影响了。
黑影将重樱一众人分成了三份：武藏/初月、朝凪、名取/被卷飞后被尾张拉到身边的瑞凤。
之后初月三人苦战一番弹药不足，只得打出信号弹希望能被谁发现，好在大贤者在她庇护的一片庭院里看到了信号弹，将三人转移进来；而尾张瑞凤则被大贤者用分身引路后传送进了庭院；武藏被长门帮助，并得到了发动术式的符咒，主动前往庭院寻找尾张她们，然后发动术式给长门坐标带领所有人脱困。
而息，祂与大贤者似乎都是海若的一部分，如同阴阳一般浑然一体，想要完全解决祂，就只有大贤者与祂一同湮灭。但是大贤者因为十几年前与指挥官的相见，并且因为指挥官“希望还能再见”的话而不愿就此消失，在结界之中与息对抗，哪怕自己的力量即将消磨殆尽只剩空壳也想要有机会与指挥官重逢。罪恶深重的男人
也就是说要不是因为指挥官这句话，重樱也不会被息困扰十多年
而最后武藏将十几年前大贤者消失前给她的东西成功制作了海若仿制品，并以此完善了信浓的力量还让她获得了一部分大贤者的能力。

同时还做出了“云仙”的舰装，让大贤者与云仙结合，斩断了“大贤者”与“息”的连接和桎梏，让她拥有了舰娘的概念，获得了云仙这个名字。与大贤者分离的息也差点逃离结界，但还是被及时赶到的长门堵住封印进了大神木。不过这个构建大神木的术式似乎消耗极大，并非现在的长门所能发动的，但应该是被云仙完善了术式，将大神木置入了结界，掩盖了一切痕迹。
同时大和不知道为啥还不露面，而且疑似有精神控制的能力？十几年前让水无月代替自己给武藏传话。
而且本次剧情里天城打赢了复活赛，准确的说她压根没死？只是不仅对重樱，也对所有势力隐瞒了自己的消息。不过赤城为了她闹了那么多乱子而且既然打赢了复活赛，赤城也没理由发癫了吧期待姐仨（天城赤城加贺）相认的时候