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Novoplasty组装,产生了6个contig,没有形成完整的环。

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请问各位老师,我用Novoplasty组装膜翅目寄生蜂的线粒体基因组数据(6X),一共产生了6个contig,没有形成完整的环。这是因为我数据质量不行,还是因为其他的原因?


IP属地:江苏1楼2023-12-11 21:28回复
    太难判断了,不一定是数据质量不行,如果控制区过长,二代数据换哪个工具也装不完整。用mitoz再组装试下,即使不成环,注释生看看37个基因是否全,如果全只是控制区问题,那只能三代测试或pcr解决了


    IP属地:江苏来自iPhone客户端2楼2023-12-12 07:02
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      张老师好,我用mitoz进行组装,出现了如下问题,分析原因说是不能连接ncbi数据库,请问是因为虚拟机无法联网吗?








      IP属地:江苏3楼2023-12-12 17:15
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