各位老师们好，我想请教一下组装线粒体基因组时，控制区不完整的问题。
我目前学习着用novoplasty(seed序列为近缘种的co1序列)和mitoz两种方法组装线粒体基因组，典型基因基本都可以注释出来。但是组装的大部分序列都是线性的，在控制区的位置断开了并且trnI不为起始（如图，前面有300~1000bp左右的非编码区）；几个成环的基因组在用mitoz注释的时候也不显示出控制区的部分。

我想请问一下这是因为有重复序列的原因吗，还是是我组装的时候出问题了；以及后续应该怎么处理呢。
提前感谢各位老师的指导了！