历史遗留问题1：其实字母表才是汉语拼音的排列顺序。
好多人一直认为bpmf(v)dtnl...才是汉语拼音字母的排列顺序，但其实这是老的注音符号的排列顺序，注音符号其实就是以前的一种给汉字注音的汉字式符号，由章太炎制定，及字母表中标写名称的符号，如果用bpmf(v)dtnl...的顺序，你就会发现其中包含zh,ch,sh等双字母，并不是单个的字母，而且还没有y和w，汉语拼音字母的排列顺序是abcdefg...的顺序，国际通用，另外，所谓汉语拼音字母与英文字母写法有区别完全是小学老师为了方便学生分清汉语拼音字母和英文字母的区别才故意这么教的。
历史遗留问题2：汉语拼音的名称音问题。
“呼读音”，及bo,po,mo,fo,de,te,ne,le...其实是注音符号的旧名称，只不过一开始为了让大家对得上号，才用汉字标注在旁边的，呼读音只能提高辅音字母发音听辨率、并帮助辅音可以延长，但是呼读音不能提高相近读音字母的分辨率，例如n和l的呼读音ne和le，依然十分相近，也不遵循国际惯例，还缺少隔音字母y,w，而名称音既遵循国际惯例，又能能让名称响亮，也能分辨相近读音的字母，虽然名称音有与字母的本音，及其本身的发音出入太大等问题，但依然是最好的方案，不会注音符号没有关系，汉语拼音的名称音用汉语拼音的标注如下（ê读［ɛ］，是舌面、前、半低、不圆唇元音，就是ie,üe的后半部分，只不过ê只在单用的时候加帽子，规则见第5图；v的呼读音是vo，本音是［v］，在声母表中本应排在f和d之间）：
a,bê,cê,dê,e,êf,gê,ha,yi,jie,kê,êl,êm,nê,o,pê,qiu,ar,ês,tê,wu,vê,wa,xi,ya,zê.
也就是说，在读汉语拼音字母的时候，甚至在读平时遇到的拉丁字母时，一定要按照汉语拼音字母名称来读，不应该读英文字母名称，就像法语里字母w不读英语的double-u,而是读double vé,德语里则是读weh,德国人和法国人在看到拉丁字母的时候都是读他们自己的名称，而不是读英文字母的名称，而我们的名称是wa,我们在日常生活中遇到拉丁字母时，例如软卧的缩写RW,就不应该读ar double-u，而是应该读ar wa。
历史遗留问题3：汉语拼音有大写。
汉语拼音是有大写的，只不过是因为平时给单个汉字注音才没有出现大写的状况的，具体原因如下。
历史遗留问题4：汉语拼音是一词一空。
汉语拼音是一词一空的，叫做“分词连写”只不过是因为汉语拼音平时给汉字注音，而汉字一般是一个音节，所以大家才误认为汉语拼音是一音节一空，其实汉语拼音是一词一空，汉语拼音的作用不只是给汉字注音，它还有作为汉字拉丁文方案的作用、方便音译用的，就必须有文字的特点。
历史遗留问题5：声母表和韵母表是什么？
声母表和韵母表是老的注音符号排列的顺序，并非汉语拼音字母排列的的顺序，之所以汉语拼音方案还列出声母表和韵母表，只不过是因为注音符号是这么排列的，为了方便那些用惯了注音符号的人快速对得上号才这么规定的
历史遗留问题6：汉语拼音声母有21个，韵母有39个。
老师说汉语拼音声母有23个，韵母有24个是小学老师为方便教学，故意改的，例如y,w被说成声母，而ia,iao等韵母未被教学（声母是音节开头的辅音，韵母是除声母、声调音节以外的其他部分）。
历史遗留问题7：汉语有元音和辅音。
汉语是有元音和辅音的，辅音是发音时气流或多或少有阻碍的音，反之则为元音，声母韵母是注音符号区分音的方法，并未做到完全音素化（每一个发音动作都是音素，注音字母成功地把韵头独立成介母，但是没有将韵腹和韵尾分开），注音字母成功由双拼改为三拼，汉语拼音又实现了音素化，但汉语拼音实际教学中由于三拼法和音素化未能实行开来等原因在实际教学中又退步成双拼，是严重的问题。
历史遗留问题8：汉语拼音不是音标。
音标是给专门学外语和研究语音的人用的，汉语拼音是给本土人日常汉字注音、作为汉字的拉丁文方案、方便音译用的，并非音标。