山南敬助，名知信，通说仙台伊达脱藩。但是仙台藩的武士名簿中并无此人。故其出身实为可疑。
生于天保五年，同近藤勇同年，是北辰一刀流免许皆传的剑道达人。但后来又再入近藤勇的天然理心流师门，文久元年八月二十九日参加了近藤勇的天然理心流四代目披露野试合，同冲田总司同为试卫馆的准师范代，可谓是近藤自试卫馆时代以来的谱代重镇。在组内的人望，武术，学问都是一等地高。据说在随浪士队上京时他心情澎湃，曾作诗一首；
牢落天涯志不空
尽忠今有一刀中
何妨万里艰险路
早向皇州好建功
不过他的性格也是相当的刚烈，上洛时，浪士队六番队长村上俊五郎对近藤党人态度不恭，于是和山南发生争执，若非山冈铁舟等人努力调解，村上几被杀死。在小说漫画中山南多以温厚的形象出现，他性格的这一面大概不为人知吧。
浪士队分裂后，山南随近藤，芹泽一派留洛，第一次编成时同土方岁三同担副长职务。按常理他应该在自己的本职工作上能有所成就，但是他除了参加过芹泽党肃清及大坂角力取殴斗事件外没有其他的更多事迹，池田屋事件，禁门之变几次对新选来说非常重大的事件，都看不到山南的身影。
山南的受冷落是有其原因的，首先虽然山南是近藤党的谱代旧参，但是论亲密毕竟不能和从小和近藤混大的土方岁三比，所以近藤会重用何人，自不必说。另外由于土方作为近藤的首辅，劳苦功高，就象丰臣秀吉从小培养，战功累累的加藤清正看不起药商家庭出身，只会耍阴谋诡计的小西行长一样。土方非常鄙视无功而身居高位的山南敬助。山南也认为土方奸佞媚主，对之咬牙切齿，两人矛盾越来越深。
另外，山南也并非佐幕论者，他对近藤奉行的佐幕政策也颇有微词，伊东甲子太郎入队后，二人共同的理想使山南与其一见如故。更使近藤对山南的猜疑日深，终于，西本愿寺本阵迁移成为了二人决裂的导火线。
近藤之所以选择西本愿寺为新屯所有两个原因，其一，自关东新队士入队后，壬生屯所地面便显狭小，而作为真宗本愿寺派的全国总本山西本愿寺，堂塔众多房间宽阔，适合屯住大队人马。另外西本愿寺据说和长州尊攘派过往颇密，禁门之变的时候也有长州溃兵逃入寺中躲藏，近藤觉得有对其进行调查的必要。
但是山南认为近藤“名为屯所转换，实为借机探察西本愿寺的动静，更兼向僧人示以暴力，这真是卑劣的行径。”而近藤根本不把山南的意见当回事，山南的怒火一下子爆发了。
“我负有副长的责任，您却不能纳我一言，这全是土方的奸媚所致！”
不久......
新选组辞退之仪
副长有间敷仪与觉候得共，新选组最近之成和承服仕兼间敷觉侯条，右辞退之仪申上候而，江户归住奉条残候事
山南敬助
以上是庆应二年二月二十一日，山南在出走之前留下的辞职恳愿书。他一个人离开了屯所，出奔到九霄云外去了。
近藤急命冲田总司快马将山南追回，冲田在京都东二十公里的近江大津追到了山南，把他带回了屯所。软禁在前川邸。
伊东甲子太郎和永仓新八先后来探望山南，他们知道山南处境非常危险，劝他再次逃走，山南已经做好了最坏的打算，谢绝了二人的好意。
不久，近藤勇，土方岁三，冲田总司和斋藤一陆续到达前川邸。在山南之前列坐，近藤便说:
“贵殿的行为已经违反了局中法度，依法你应割腹自咎。”
山南毫发不惊，慷慨道：
“这没有什么困难的。”
山南马上要切腹的消息一传出，壬生屯所的房东八木源之丞急忙和当时还是个少年的八木为三郎老人去岛原去寻找平时和山南交情最深的艺妓明里。将她带到了前川邸。
明里敲着移门的格子，高声喊道：“山南先生！山南先生！”
移门的帐子拉开了，只见山南端坐正中，面色发青，泪眼朦胧，二人相顾无言，惟有泪千行，旁人没有一个不落泪的。
不久，岛原的人和新选组队士硬是把悲伤欲绝的明里生生架走，帐子也啪地一下合上了。
为三郎呆呆地看着窗子，直到日暮西山，当到应该上灯的时候，父亲源之丞从岛原回来了。
“父亲，山南先生......”
源之丞长叹一口气：
“他已经切腹了......。”
据永仓新八的回忆，当切腹的时辰来临时，山南既然和明里死别，觉得了无牵挂，乃凄然一笑：
“可以安心地去了。”
他拔出胁差，在腹中横拉一刀，再返刀竖切为十文字状。这种切腹方法也称无念腹，是因为蒙冤不服时所作的切腹方法。这时，土方岁三进入房中，山南笑道
“来晚了，九尾狐”
话音刚落，担任介错的挚友冲田总司刀光一闪，山南的首级咚地一下砸在地板上。近藤不禁感叹道。
“壮哉，和大石内藏助临终时一般无二！”
一个月后，冲田总司在给佐藤彦五郎的信中，报告了山南的死讯：
“段段御温情下之山南兄，已于上月二十一日过世......”
冲田总司对好友的死非常哀痛，但顾于近藤的关系，他也只能用这种方法了寄托哀思。伊东也非常伤心，乃咏歌四首吊之
＊「春风に 吹き诱われて 山桜 ちりてぞ人に おしまるるかな」＊
＊「吹风に しぼまんよりも 山桜ちりて后なき 花ぞいさまし」＊
＊「皇の 守りともなれ 黒髪の 乱れたる世に 死ぬる身なれば」＊
＊「雨风に よしさらすとも いとうべき 常に涙の 袖をしぼれば」＊
山南敬助可以说是近藤，土方专断队务路线下的第一个牺牲品，但是他的死并没有触动近藤，只是庆应年间新选组内部肃清的一个前奏罢了。
