商业保函，是由除银行以外的，担保机构出具的保函，一般多为专业担保公司开具的公司保函，也是商业机构信用担保。商业保函包括工程担保公司出具的：投标保函，履约保函，预付款保函，质量保函等，都为商业保函。
在项目实际操作过程当中往往会触及到保函的使用，也就不可避免的会遇到“保函成本”的问题，商业保函和银行保函都是需要相应手续费的。首先，商业保函与银行保函最主要的区别是担保的筹码和第一承担人的不同：银行保函是以银行信用为担保，第一承担人是银行。而商业保函是以商业机构信用为担保，第一承担人是商业机构。
商业保函特性
1.信用问题
商业保函的出具主体是有资质的担保公司，所以商业保函的信用体系是商业信用，也就是使用担保公司的商业信用为被担保人向受益人进行保证，在被担保人不能或拒绝履行合同规定的责任或义务时，受益人有权要求担保公司承担保函范围内的责任。
2.条款可变
商业保函的条款相对应银行保函来说是没那么严格的，担保公司的体系并不像银行体系的冗余，担保公司的运营体系由业务部门，风控部门，法务部门组成，三个部门从不同角度为保函业务服务，所以在格式条款的改变上变的可以沟通，可以从实际情况出发为企业出具保函。
3.办理速度
商业保函的办理速度一般是很快的，只要项目以及被担保人企业通过了担保公司相应的审查，并且被担保人企业积极配合担保公司进行签约，反担保等工作，商业保函的出具最快能做到在当日出函。
4.资质要求
商业保函对资质的要求并不像银行保函那么严苛，原因资质仅仅是对企业实力的一种判断方式，不同的判断方式还有很多，例如企业财报，企业股东，企业人员素质，企业近期项目等等情况，所以商业保函的出具更多的是依赖于项目以及企业的真实情况，并不局限于资质上。
总结来讲，商业保函和银行保函的本质上主要以下区别：
1、银行保函由银行出具的保函，属于银行信用;商业保函是由担保公司或相关金融机构出具的保函，属于商业信用。
2、银行保函多用于国际贸易，用于国际担保业务。而担保公司保函多用于国内公司。
3、商业保函相比较银行保函资料简单，办理速度快，费用更低。
4、商业保函格式条款等更加灵活，银行保函格式相对固定不易修改。
5、商业保函可以修改保函开具日期，银行保函不接受修改。
6、银行保函对申请人资质要求高。其中三级资质履约保函、纯采购项目履约保函、民工工资保函、质量保修保函，银行在出具银行保函过程中，要求缴纳保证金。担保公司保函和银行保函起到的法律效力相同，相同条件下，商业保函费用便宜，更加快捷灵活。
商业履约保函，比如预付款保函，质量保函，和农民工工资支付保函等，一般免收取保证金，只收取担保费，且收费极低于银行保函，因此，在能同时使用银行保函和商业保函的情况下，大家都优先选择商业保函。
商业保函实际上与银行保函是同样的性质，区别只是一个是银行出具的叫银行保函，一个是担保公司出具的就叫商业保函，但具备同样的法律效益，只是出具保函对象的区别。商业保函和银行保函的法律效力相同，相同条件下，办理担保公司保函费用便宜，更加快捷灵活。