在中超联赛拼搏两个赛季之后，南通支云足球俱乐部还是不幸降级。2024年11月2日，中超联赛第30轮，南通支云队1:2客场负于深圳新鹏城队，以“5胜7平18负积22分”的成绩位列联赛第16名。实际上，在中超联赛第29轮，南通支云队1：3不敌北京国安队的时候，29轮积22分就已经提前一轮确定降级，将在下赛季参加2025年中甲联赛。天眼查数据显示，南通支云足球俱乐部成立于2014年12月17日，前身是广西龙桂达足球俱乐部。2015年6月，南通市政府和江苏省教育厅、江苏省体育局签订协议，确定南通市为江苏省唯一的足球改革发展试点城市 。9月8日，南通市足球协会主席范兵列席政府常务会议，南通市市长提议他去招商引资搞足球俱乐部。于是，对职业足球俱乐部运营管理经验为零的范兵，以一腔热情立即招兵买马组建团队。最终，2015年12月21日，南通寰亚体育文化有限公司收购了广西龙桂达足球俱乐部及其中乙联赛参赛资格，并更名为南通支云足球俱乐部。2016年1月1日，南通支云足球俱乐部正式成立，并最终取得2016年中乙联赛第16名。在中乙联赛锻炼三个赛季后，南通支云杀进了2019年中甲联赛，并在中甲联赛磨练了四年之后，终于在2022年11月28日，2022赛季中甲联赛第32轮的一场比赛中，南通支云队2：3惜败陕西长安竞技队，但是因为排名第四的石家庄功夫队2：4不敌上海嘉定汇龙队，所以依然领先石家庄功夫7分的南通支云队提前2轮冲超成功，杀入2023赛季中超联赛。南通支云足球俱乐部冲超成功不仅创造了南通足球历史，而且南通如皋还成为拥有中超球队的第三个县级市。2023年4月15日，南通支云迎来了俱乐部历史上的中超首秀，最终以1：2不敌大连人队。当年11月4日，2023赛季中超联赛结束，南通支云积22分位于第14名，成功保级。2024年1月5日，南通支云足球俱乐部宣布，米哈洛·尤拉索维奇出任南通支云一线队主教练。但是，南通支云队在中超联赛上半程取得2胜4平9负仅积10分，位列榜尾，米哈洛随即“下课”，由大卫·帕特里西奥第三度执掌南通支云队教鞭，直到第17轮客场2比1战胜武汉三镇队，才结束8轮不胜。最终，南通支云足球俱乐部还是降级了，但是前往深圳赛场助威的南通球迷还是在现场打出了“江东子弟多才俊 卷土重来未可知”的标语，表达了对这支球队的支持与鼓励。
天津《每日新报》曾报道说，南通支云本赛季投入了9000万元，但还是没能完成保级目标。将近9000万元投入是如何计算出来的，目前尚无定论。但是对于南通支云足球俱乐部来说，如何克服经营困难以及重新杀回中超联赛，是亟待解决的问题。南通支云，我们还会再见的