1.关于剧情走向是否合理：合理。
从异聚塔出现在主线那一刻，人类就在与超前的帕弥什对线，为什么说超前？因为异聚塔是因为原初多米尼克、尼克（冯内裤）时代的时间旅行舱被异聚结晶污染形成的；“先遣队”进入异聚塔向过去发送信息，构建“渡梦桥”时，屁股没擦干净，那个时代的零号跟着过来了，导致异聚塔的出现。
首席和冯内裤砂了柯蕾多尔取得权柄后，纺织时间线，磨去冯内裤进入首席时代的世界线，七实收缩世界线，才让一切回到正轨：首席所处文明将面对正常的“筛选”。伊什梅尔在救投红潮的首席也提到，所处文明的筛选并不正常。
2.回到正轨是否意味着以前经历的事情，积累的好感烟消云散：否定。
伊什梅尔的解答是“相遇的自然会相遇，诞生的自然会诞生”；与此同时首席和露西亚等人多少都有人零散记得“梦”。现在的“重启”是人类阵营、升格者阵营、机械教会共同对抗时间旅行舱带来闭环的结果，是大七实所说的最佳解法。身为指挥官的玩家是有实感地经历这一切的，只是首席的权限仅限观测者，无法带去更多东西回到重启线。后续各个角色也终将会在属于当今文明的筛选中“相遇”，“诞生”。
这样后续剧情会非常值得期待了。