没有。
GB魂斗罗的日版就叫“コントラ”。“Operation C”是北美发售时改的名字，纯粹是为了避免出现Contra字样，防止人们联想到美国在南美扶植反供游击队“Contras”的事件
跟什么二战日本海军的C作战一点联系也没有

这个的意思是本地化名称恰好和历史事件撞上罢了，合金装备雷电还是日本战斗机名字呢

游戏名字刚好撞到历史事件而已。
很多时候为了避嫌，游戏不同版本把主角改了，名字改了甚至剧情改了都很常见。