1862年，森鸥外出生于石见国（现为岛根县）鹿足郡津和野町一个世代医师之家，其本名为森林太郎，号鸥外，为家中长子。其家族是十四代医师之家，在200多年里都是藩主家的宫医，优裕的家庭环境为森鸥外及其弟妹的健康成长提供了良好的条件。作为家中长子自然是寄予厚望，森鸥外五岁时跟随儒者村田久兵卫学习论语，与儒者米原纲善学习孟子，一个五岁孩子就这么背完了论语和孟子。1869年，七岁的森鸥外就被送进了津和野町最内卷的藩校养老馆学习，之所以说是最内卷的藩校是因为该校只有50个学生，却有七个教授级别的国学家和八个行政老师，堪称顶配！入学三年里，他学习了儒学、医学、剑道、马术、柔术等11门课程，还学习了荷兰语、德语、西班牙语等多门外语，外加大学、中庸、四书五经等112册典籍。值得一提的是，日本一直在学习中国典籍，悟出的确实一套歪理，墨子的兼爱非攻被悟成立兼攻非爱，还在四书五经里翻出百姓昭明、协和万邦的昭和二字当年号。1871年，也就是森鸥外九岁时发生了一件大事，明治天皇不满各地藩阀割据，于是下令削藩由天皇集权，至此日本天皇不再只是一个摆设，而森鸥外老家的津和野藩也在这次削藩中倒闭。老爹森静康也由藩主家宫医变成了赤脚医生，举家搬往了东京开始了京漂。1874 年，争气的森鸥外年仅12岁就考入了东京帝国大学医学院（现为东京大学医学系）预科。在这里的森鸥外依旧是一名学霸，而且凭借学习的剑道、柔术等成为了另一种“学霸”（学校霸王），当时的日本极度崇美媚欧，而喜欢中国诗歌的森鸥外被一众外教排挤，每次考试前他的讲义总会被人莫名其妙地烧掉。即使如此，十九岁的他依旧以全校前十的成绩毕业，成为该校最年轻的毕业生获得了医学学士学位。
ll19世纪末期日本刚刚经历了明治维新，开始大量扩军，森鸥外毅然决然加入了日本陆军，并且一入伍就获得了中尉军衔，还被上司推荐给了明治天皇，要派遣他去德国公费留学，并调查德意志军队的卫生制度。明治天皇此时万万没有想到正是这个决定，在多年后培养出了一代“冥医”，成为日军的噩梦。1884年7月，森鸥外出发前往欧洲。工业革命后的欧洲可谓十分精彩，德国女郎和大扎啤谁看了不迷糊，于是他全盘接受了西式教育。在此期间，他和地质学家海因里希·瑙曼爆发了冲突，因为瑙曼博士发表了一篇歧视日本人的论文，并指出日本爱泡温泉却不爱洗内裤。森鸥外顿时急了，连夜写了一份《日本真实现状》并着重阐述日本人不洗内衣传染病死亡率仅为6.6%，而德国人却高达9.9%。森鸥外这篇文章虽然并没有说服瑙曼博士，但他的勇敢却折服了一名德国女郎，两人开始了同居。这段经历被他改编成了一篇名为《舞姬》的小说，后来森鸥外与她不辞而别回了日本，舞女就来到日本苦苦寻找他，却再次被他无情抛弃。虽然森鸥外的文学造诣得到了提升，但是医学方面确实彻底废了，唯一的一篇研究报告竟是关于啤酒利尿的研究。学成归来的他被封为陆军医学院教官，后来还娶到了海军中将赤松则良的女儿，有了中将岳父撑腰，他一路高升，从小小的佐官升到了少将。之后又娶了比他小18岁的二老婆茂子，而茂子的父亲是银行家兼最高大法官荒木博臣。在两位岳父的运作下，森鸥外走进了日本军政界的上层，还成为了日本最精锐的第一师团的军医部部长。此时的日本正值全盘西化，凡是西方理论都要拥护，而森鸥外在欧洲学了细菌学后，更是将一切病因归结于细菌，在他的倡导下水果都要用开水煮熟了才能吃，士兵们不能用热水洗澡。但是他明知道不洗内衣会滋生细菌，可是因为前面在德国时发表过日本不洗内衣的好处，就身先士卒坚决不洗内裤，把白色都穿成了黄的也坚决不换。
甲午海战期间，日军中有人开始浑身发软，下肢肿大溃烂，一度认为是中邪了。森鸥外直接站了出来创造了消毒疗法，用开水煮所有生活用品，并让士兵坐在他自制的消毒水里泡着，不出意外的治死了日本陆军2684人，其中1707人是被泡死的。主打一个从源头解决问题，只要人死了就不会生病了。这一次的医疗事故引起了从英国留学归来的海军军医高木兼宽的注意，他观察到西方士兵吃咸肉和面包，东方士兵吃面食，只有日本士兵吃酱油拌米饭，认为是缺乏蛋白质的缘故。（实际上是缺乏维生素B1导致的脚气病，因为日本国力提升后士兵顿顿吃的是去除胚芽的精米，其中缺少了维生素B1）于是给海军安排了粗面包，歪打正着，患者数量减少了。