如果真像你说的“直辖领地内有城市和神殿”，那毫无疑问是加成全部给到
但考虑到直辖城市需要行政制，直辖神殿需要平信徒，我怀疑你问的是同一伯爵领而没有直辖的其他男爵领
那答案是看情况，比如征召兵规模你是可以吃到一部分的。至于驻扎兵士，对你来说是完全吃不到，驻扎机制是驻扎在男爵领中而不是伯爵领中，所以你不直辖→无法驻扎→加成对你来说等于没有

直辖伯爵领不影响，除非你直辖男爵领