登记多个著作权是否需要分别缴费，取决于具体的作品类型和登记情况，以下是详细介绍：
软件著作权
如果是对多个不同的软件进行著作权登记，那么需要分别缴纳登记费用，每件次为 250 元 。若申请登记多种文档，每增加一种文档需增收 80 元.
若是多个著作权人同时申请一个软件著作权需要副本的话，每个副本需缴纳 50 元.
其他类型作品
一般情况：对于文字、口述、音乐、戏剧、曲艺、舞蹈、杂技、美术、摄影等作品，每种类型的作品单独登记时都需按各自对应的标准缴费。如文字作品 100 字以下为 100 元，音乐作品词曲为 300 元等.
系列作品：如果是系列作品，登记第二件起每件费用会较低，如文字作品系列作品登记第二件起每件为 100 元，音乐、戏剧等作品系列登记第二件起每件也是 100 元 .