司马懿利用曹爽外出祭祀游猎的机会，联络留守的太尉蒋济、司徒高柔、太仆王观等起兵控制洛阳城，司马懿救出郭太后，以太后令免除曹爽职务，并亲自帅军驻防河桥监视曹爽，先后派陈泰、许允、尹大目等招降，曹爽自知无力战胜又贪图富贵，归降。司马懿平乱让孙资和孙礼、何曾等旧部都复职，太尉蒋济去世，司马懿任命王凌为太尉，孙礼任司空，司马孚复职尚书令，司马师任卫将军，司马昭任安西将军立即前往去抗击蜀军援助关中，司马懿昼夜匪懈恤民为先，紧急投入挽救危局的工作。朝中的灭魏派和司马懿集团拥立他担任丞相和九锡，司马懿都拒绝，继续效忠岌岌可危的曹魏。公元249年，71岁。
司马懿任命孙资为骠骑将军，郭淮为车骑将军接任征西将军镇守关中。司马昭任安西将军支援关中节度众军击退蜀军，西北形势暂时得到稳定，转安东将军，镇守许昌，司马师封长平乡侯，胡遵调任镇守东部的征东将军。司马懿最年幼的两个儿子也被封侯，增加掾属。司马懿派亲信征南将军王昶击退吴军进攻，暂时挡住吴军。司马懿患病，天子亲自去府邸咨询，司马懿奉天子亲政。公元250年，72岁。
司马懿不顾病体，日夜操劳，身体越来越差。司马懿派王基和州泰抵抗吴军的进攻，最终在东西两线都恢复稳定。好友太尉王凌受迷信影响要另立皇帝，见司马懿病重难以行动，只能派众将出战，所以不听儿子劝阻积极准备起兵，被部下告发。司马懿拖着病体亲自帅主力前往，快速平定危机，避免了曹魏再次发生严重内战，但是病体操劳和好友背叛沉重打击了司马懿，他任命弟弟司马孚为太尉，准备让弟弟接替自己辅政，辞让相国和郡公，不久去世。司马师被群臣推举辅政，被降职抚军大将军，录尚书事。公元251年，73岁。