辨析“书”类文献源流与《尚书》真伪问题
李学勤对《尚书》真伪问题的认识基于他对古书流传状况的判定。他一再强调“史料不是只用真假来判断，而是有可行性高低的问题”，并将新出简帛书籍与传世古书进行对比，提出了古书流变的十种情形：佚失无存、名亡实存、为今本一部、后人增广、后人修改、经过重编、合编成卷、篇章单行、异本并存、改换文字。由此重新判别古书的真伪问题，认为“总的说来，除了少数经籍早已被立于学官，或有官本之外，古籍一般都要经过较大的改动变化，才能定型”（李学勤：《简帛佚籍与学术史》，江西教育出版社2001年版）。

他对《尚书》真伪问题的认识可以大致分为前后两个阶段。早年，囿于文献不足，在学界独尊阎若璩《尚书古文疏证》辨伪成果的氛围下，他另辟蹊径，发展了陈寅恪的观点，主张重新认识梅赜所献《孔传古文尚书》的来历与文献价值。俞大维《怀念陈寅恪先生》记陈寅恪论《古文尚书》言：“不可武断地说，它是全部杜撰的书，绝非一人可杜撰，大致是根据秦火之后，所传零星断简的典籍，采取有关《尚书》部分所编纂而成，所以我们要探索伪书的来源，研究其所用资料的可靠性，方能慎下结论；不可武断地说，它是全部杜撰的。”（《陈寅恪先生论文集》，三人行出版社1974年版）李学勤亦言“传闻陈寅恪先生曾认为古文《尚书》非一人所能杜撰，大约是根据秦火以后所传零星断简，采取有关部分编纂而成”（《简帛佚籍与学术史》），并先后撰写了《西汉河内女子得逸书考》《论魏晋时期古文〈尚书〉的传流》《〈今古学考〉与〈五经异义〉》《论孔子壁中书的文字类型》《〈尚书孔传〉的出现时间》《竹简〈家语〉与汉魏孔氏家学》等文章，系统梳理了汉魏之时各种《尚书》文本及相关文献的传流情况，为解决梅献本《古文尚书》及其“孔安国传”、《孔子家语》《孔丛子》等相关文献的文献学悬案提供了思考的方向，并带动了一系列成果的问世。

李学勤晚年成功促成一批战国竹简入藏清华大学，学界循例称作“清华简”。作为近代以来首次出现整篇“书”类文献的简帛文献，清华简的现世，为解决千年《尚书》悬案提供了有力的实物证据和前所未见的文献材料。他利用清华简这批新材料，推翻了自己早年的观点，通过对清华简《尹诰》与梅献本《咸有一德》等篇的考察，最终认定传世梅献本《古文尚书》中《大禹谟》等二十五篇为伪作。

自20世纪80年代以来，李学勤在前人基础上对《逸周书》进行了系统研究，先后撰写了《〈世俘〉篇研究》《〈商誓〉篇研究》《〈尝麦〉篇研究》《祭公谋父及其德论》《释郭店简祭公之顾命》《〈齐语〉与〈小匡〉》等多篇文章，分篇讨论《逸周书》部分早期篇章的文本、文字以及与之相关的历法、地理、制度、人物等问题，同时，他还鼓励学生开展对《逸周书》的研究，并审订黄怀信、张懋镕、田旭东合撰的《逸周书汇校集注》。《逸周书汇校集注》一书1995年初版发行后一度供不应求，至2007年修订再版，业已成为目前最方便的《逸周书》基础文献。

李学勤晚年集中精力整理清华简。清华简中保存了大量的“书”类文献，其中多篇为《逸周书》的篇目，如《命训》《程寤》《皇门》《祭公之顾命》等。李学勤由此撰写了《清华简与〈尚书〉〈逸周书〉的研究》，其中一些观点指明了清华简“书”类文献的研究路径。在此基础上，他还指导研究生以清华简中的“书”类文献为对象进行专题研究，取得了不少学术成果，从而推进了《逸周书》和“书”类文献逸篇逸文的研究。

推进历年、史地、文例、制度等的二重互证
李学勤一直倡导王国维提出的“二重证据法”，并予以发展，这一方法在他对青铜器铭文与《尚书》《逸周书》等传统文献的互证研究中有较好的运用。
李学勤的《〈大诰〉尹氏及有关问题》与《〈仲虺之志〉与薛国史氏》等文章结合“书”类文献考证尹氏、薛国史氏等。前者将《尚书·大诰》与《逸周书》的《武寤》《和寤》等所见“尹氏”与青铜器铭文中的诸尹氏互证，以证《大诰》“尹氏”为族氏；后者论证《左传》所引《仲虺之志》应即《尚书·仲虺之诰》，并解决了青铜器中薛国史氏的问题。

祭公谋父为西周重臣，不仅见于《逸周书·祭公解》，更见于青铜器铭文，新出简帛如郭店简与上博简《缁衣》篇亦有引用，而清华简中更有《祭公之顾命》完整篇章。李学勤对此也进行了详细研究，先后撰有《祭公谋父及其德论》《释郭店简祭公之顾命》《师询簋与〈祭公〉》《清华简〈祭公〉与师询簋铭》等文章。而他早年对郭店简祭公称谓用字、祭国地望等的考证则为后出上博简、清华简等文献祭公称谓相关文字释读奠定基础，同时也印证了《逸周书·祭公解》源出西周的说法。

此外，李学勤还有《从柞伯鼎铭谈〈世俘〉文例》《叔多父盘与〈洪范〉》等文章，以柞伯鼎铭所见“命、至、馘俘”顺序与《逸周书·世俘》文例及献俘礼相印证，叔多父盘所见“辟王、卿士、师尹”顺序与《尚书·洪范》相印证，是从青铜器铭文考证传世文献文例、制度的典范。

考释“书”类文献的语言
李学勤早年以《尚书》语言与甲骨卜辞互证，撰有《〈尧典〉与甲骨卜辞的叹词“俞”》《甲骨卜辞与〈尚书·盘庚〉》等文章。《〈尧典〉与甲骨卜辞的叹词“俞”》将甲骨文中叹词“俞”与《尚书》中的叹词“俞”相比较，以论证《尚书·尧典》来源之古老。《甲骨卜辞与〈尚书·盘庚〉》通过甲骨卜辞与《尚书·盘庚》语例之比较，论《盘庚》为“商书”，非后世之拟作，进一步印证了顾颉刚等人对《盘庚》篇早出的判断。

之后，李学勤又将清华简“书”类文献语言与其他文献互证，典型代表为讨论清华简《厚父》“都鲁”一词。《厚父》中有“都鲁天子”一句，他在《清华简〈厚父〉与〈孟子〉引〈书〉》一文中论证了清华简《厚父》与另一篇未公布文献均见“都鲁”一语，当为感叹词，同为《尚书·尧典》之“都”。此后虽有学者试图重新断读为“都！鲁天子”，但“鲁天子”与学者所举《史记·周本纪》“周公受禾东土，鲁天子之命”不是同一个句式。“鲁天子之命”为判断句，且所论为周公，尚难发现《厚父》中“都鲁天子”一句与鲁受天子之命有何关联。而在清华简尚待公布的另一篇中，“者鲁”连称且“鲁”字明显与下文不能连读，故以“都鲁”为感叹词为善。而“都鲁”连用为“都”之同义叹词之判断，实是基于他早年对《尧典》语言的关注以及对上古音的认识。

阐发“《尚书》学”的思想史、学术史价值
李学勤在研究“书”类文献时也重视对其思想史、学术史价值的梳理与阐发。他早年所撰《竹简〈家语〉与汉魏孔氏家学》《论魏晋时期古文〈尚书〉的传流》《论孔子壁中书的文字类型》《〈尚书孔传〉的出现时间》等文章钩玄发微，奠定了孔氏家学与孔氏学术史研究的基础，对后来一系列学术成果的问世有引导之功。
李学勤还曾撰有《朱子的〈尚书〉学》一文，发明朱子《尚书》学意旨，简明概括了朱子《尚书》学的特色及治学门径，所论朱子《尚书》学与思孟学派在学术史上的关系及其相近相通之处尤其值得玩味。

此外，清华简《保训》甫一面世，李学勤就敏锐地指出“中”为中道思想，认为就《保训》内容观之，“似乎尧舜以来确有‘中’的传授”，视下文“微志弗忘，传贻子孙，至于成汤”，“中”仍是指思想观念而言，进而指出“《保训》的思想与儒学有共通之处，很值得探索研究”（李学勤：《周文王遗言》，《光明日报》2009年4月13日；《论清华简〈保训〉的几个问题》，《文物》2009年第6期），并托人转告梁涛，鼓励他撰写文章探讨《保训》之“中”与道统论的问题。梁涛随后撰成《清华简〈保训〉的“中”为中道说》一文，系统辨析了“中”与道统源流诸问题，得出的结论与李学勤的初判相合，即“中”是一种思想观念，而不是某种实物。文章认为：“中国古代确实有重视中道的思想传统，体现了尧舜禹汤等古代先王独特的伦理、政治实践智慧，及其对宇宙人生的理性思考。但这一思想传统显然与朱熹等人的道统说是有一定距离的，是无法简单将二者等同起来的。”其后，李学勤又撰写了《重说〈保训〉》一文，对这一问题作了进一步研究。

李学勤的《尚书》学研究，最大特点是深入开展了传世文献如《尚书》《逸周书》等与出土文献如甲骨文、金文、简帛文献等的二重互证，多于隐微处发人所未见；同时又有宏观的学术关切，注意大的历史时空下学术史与思想史的传承脉络及其特征，因而具有鲜明的研究特色。